La période révolutionnaire est marquée par une profonde restructuration du culte catholique. La Déclaration des droits de l’homme et du citoyen de 1789 érige la liberté de culte comme l’un des fondements de la société française.
Entre 1789 et 1795, le catholicisme, pourtant religion officielle du royaume depuis le XVIe s., voit progressivement ses biens séquestrés au profit de la Nation, ses ministres du culte laïcisés, puis son exercice limité voire interdit.
La paix religieuse est retrouvée avec la signature, entre Napoléon Bonaparte et Pie VII, de la convention du 15 juillet 1801, puis le vote par les assemblées des articles organiques l’année suivante.
Ce retour de l’exercice du culte catholique, reconnu désormais comme religion de « la grande majorité des Français » s’accompagne d’une profonde réorganisation temporelle.
Les diocèses, circonscriptions ecclésiastiques sur lesquels s’exerce la juridiction de l’évêque, sont rétablis. Leur nombre est cependant plus faible que sous l’Ancien Régime, 60 au lieu de 120. À cette occasion, Sens perd son siège archiépiscopal pour devenir simple doyenné du diocèse de Troyes. Il sera rétabli dès 1822 et sa circonscription calquée sur celle du département de l'Yonne.
Après avoir organisé les diocèses, le titre IV des articles organiques divise les diocèses en paroisses ; elles deviennent dès lors la circonscription ecclésiastique de base. Seules les plus importantes, correspondant généralement aux chefs-lieux de canton, sont pourvues d'un curé (payé par l'État, et dont la nomination doit être approuvée par le préfet), les paroisses de moindre importance ne disposant que d'une église succursale avec à leur tête un simple desservant, non payé par l'État.
Leur nombre et leur étendue sont fixés pour chaque département par le gouvernement après propositions conjointes du préfet et de l’évêque.
Sur le plan temporel, la paroisse est désormais un établissement public pouvant recevoir des biens et des revenus qui sont désormais administrés par la fabrique (association de clercs et de laïcs chargées de la collecte et de l'administration des fonds et des revenus nécessaires à la construction et à l'entretien des édifices religieux et du mobilier).
Enfin, les accords concordataires prévoient que le culte catholique puisse être célébré en dehors de l'église paroissiale : l’oratoire public (également appelé annexe, ou chapelle de secours) correspondant à la section d’une commune, un hameau ou encore un quartier distant du chef-lieu paroissial et l’oratoire particulier (ou chapelle domestique) établi dans les hospices, les prisons, les lycées, les collèges, les établissements de congrégations religieuses ou encore les habitations.
Cette organisation demeure en place jusqu’à la loi de séparation des Églises et de l'État de du 9 décembre 1905.